On trouve en Suisse 28 espèces de chauves-souris réparties en 3 familles et 11 genres.

Famille des Rhinolophidae

Rhinolophus ferrumequinum (Schreber, 1774)
Grand rhinolophe, Grand fer-à-cheval

Rhinolophus hipposideros (Bechstein, 1800)
Petit rhinolophe, Petit fer-à-cheval

Famille des Vespertilionidae

Myotis mystacinus (Kuhl, 1819)
Murin à moustaches

Myotis brandti (Eversmann, 1845)
Murin de Brandt

Myotis emarginatus (Geoffroy, 1806)
Murin à oreilles échancrées

Myotis nattereri (Kuhl, 1818)
Murin de Natterer

Myotis bechsteini (Natterer in Kuhl, 1818)
Murin de Bechstein

Myotis myotis (Borkhausen, 1797)
Grand murin

Myotis blythi (Tomes, 1857)
Petit murin

Myotis daubentoni (Leisler in Kuhl, 1819)
Murin de Daubenton

Myotis alcathoe (Helversen et Heller, 2001)
Murin d'alcathoe

Pipistrellus pipistrellus (Schreber, 1774)
Pipistrelle commune

Pipistrellus pygmaeus (Leach 1825)
Pipistrelle pygmée

Pipistrellus nathusii (Keyserling & Blasius, 1839)
Pipistrelle de Nathusius

Pipistrellus kuhli (Natterer in Kuhl, 1819)
Pipistrelle de Kuhl

Hypsugo savii (Bonaparte, 1837)
Vespère de Savi

Nyctalus leisleri (Kuhl, 1818)
Noctule de Leisler

Nyctalus noctula (Schreber, 1774)
Noctule commune

Nyctalus lasiopterus (Schreber, 1780)
Grande noctule

Eptesicus nilssoni (Keyserling & Blasius, 1839)
Sérotine boréale

Eptesicus serotinus (Schreber, 1774)
Sérotine commune

Vespertilio murinus L., 1758
Sérotine bicolore

Barbastella barbastellus (Schreber, 1774)
Barbastelle commune

Plecotus auritus L., 1758
Oreillard brun

Plecotus austriacus (Fischer, 1829)
Oreillard gris

Plecotus macrobullaris (Kuzjakin 1965)
Oreillard des Alpes

Miniopterus schreibersi (Natterer in Kuhl, 1819)
Minioptère de Schreibers

Famille des Molossidae

Tadarida teniotis (Rafinesque, 1814)
Molosse de Cestoni